Evaluation of the INFINITI® analyser and comparison of 2D6 vs. Sequencing at the University Hospital in Bern

May 28, 2015

INSELSPITAL, UNIVERTISTÄTSSPITAL  BERN

INFINITI®

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Deutsch | Français

INTERVIEW MIT PROF. C. LARGIADÈR, UNIVERSITÄTSINSTITUT FÜR KLINISCHE CHEMIE, INSELSPITAL BERN

Herr Largiadèr, das Institut für Klinische Chemie hat vor kurzem den INFINITI® Analyser gekauft weshalb?

Wir waren speziell an einem Ausbau unseres Angebots an pharmakogenetischen Tests für die Dienstleistung und für die Forschung interessiert. Das Gerät erlaubt es uns, ein relativ breites „Standardangebot“ auf einem einzigen System zu fahren. Wir erhalten relativ viele Anfragen für solche Analysen, jedoch betrifft das für einen einzelnen Marker nur relativ wenige Analysen pro Jahr. Der INFINITI® Analyser erlaubt es uns, verschiedene Marker gleichzeitig auf einem Gerät zu messen, und den Laborablauf – wir verwendeten bisher für verschiedene Marker sehr unterschiedliche Nachweismethoden – stark zu vereinfachen und zu vereinheitlichen. Dies führt zu sehr kurzen Antwortzeiten und eröffnet neue Möglichkeiten in Bezug auf prospektive Studien und auf die klinische Anwendung. Den grössten Informationsgehalt besitzt ein pharmakogenetischer Marker vor Beginn einer Therapie und deshalb sind möglichst kurze Turn-Around-Zeiten für ihren klinischen Nutzen matchentscheidend.

Im Rahmen der Evaluation des INFINITI® Analysers wurde unter anderem auch der pharmakogenetische Test 2D6 evaluiert mit welchem Ziel?

 

Das CYP2D6 ist einer der wichtigsten und der am besten untersuchten pharmakogenetischen Marker. Das CYP2D6 spielt im Stoffwechsel von sehr vielen Medikamenten eine sehr wichtige Rolle. Unser Interesse an diesem Marker bezog sich speziell auf gewisse Schmerzmittel (z.B. Tramal) und auf das Brustkrebsmedikament Tamoxifen. Das CYP2D6-Gen ist jedoch sehr variabel und ist wegen dem Auftreten von Pseudogenen Duplikationen sehr schwierig zu genotypisieren. Der INFINITI®-Test hat eine ausgezeichnete Abdeckung der relevanten genetischen Varianten und erlaubt eine nahezu 100%-ige Bestimmung aller Poor Metabolizer Varianten, d.h. von Genvarianten, die zu einem nichtfunktionalen Enzym führen.
Wie waren die Ergebnisse? Wurden Ihre Erwartungen erfüllt?
Unsere Erwartungen wurden vollständig erfüllt. Wir fanden eine 100%-ige Übereinstimmung mit der Referenzmethode (bidirektionale Sequenzierung) und eine vollständig Reproduzierbarkeit der Resultate bei Wiederholungen. Zudem erwies sich der Test als sehr robust bezüglich der DNA-Qualität.

Welches ist Ihr Eindruck des INFINITI® Analysers in der Routine, und was gefällt Ihnen besonders?

Das System ist sehr einfach und zeitsparend zu bedienen und die Mitarbeiter konnten schnell in die neuen Tests eingearbeitet werden. Ausserdem können die Resultate direkt an unser LIMS übertragen werden. Alles in allem ist es eine gelungene Plattform, die es erlaubt, diverse Multiplex-Analysen zu automatisieren.

Wie zufrieden sind Sie mit dem Service und dem Support von BÜHLMANN?

Wir sind sehr zufrieden. Unsere Anfragen wurden stets umgehend und kompetent behandelt. Für mich sind der Service und Support der Firma BÜHLMANN ein weiterer grosser Pluspunkt des INFINITI® Analysers.

Vielen Dank für das Gespräch.

ENTRETIEN AVEC LE PROFESSEUR C. LARGIADÈR DE L’INSTITUT DE CHIMIE CLINIQUE DE L’HÔPITAL UNIVERSITAIRE DE BERNE.

Monsieur Largiadèr, pourriez-vous nous donner les raisons pour lesquelles l’institut de chimie clinique a récemment acheté un analyseur INFINITI® ?

Nous étions particulièrement intéressés par un renforcement de notre offre de tests pharmacogénétiques pour nos prestations de service mais aussi pour la recherche. L’appareil nous permet d’offrir une palette de tests relativement grande sur un seul système. Nous recevons beaucoup de demandes pour ce genre d’analyses, toutefois cela concerne peu d’analyses pour un seul marqueur par année. L’analyseur INFINITI® nous permet de mesurer en même temps plusieurs marqueurs sur un seul appareil – jusqu’à présent, nous utilisions des méthodes de dépistage très diverses pour les différents marqueurs – et de simplifier et standardiser les procédures de laboratoire. Cela conduit à des temps de réponse très courts et ouvre de nouvelles possibilités en termes d’études futures et d’utilisations cliniques. Avant le début d’une thérapie, un marqueur pharmacogénétique apporte le plus grand nombre d’informations et c’est la raison pour laquelle un temps de traitement aussi court que possible est décisif pour les bénéfices cliniques.

Dans le cadre de l’évaluation de l’analyseur INFINITI®, le test pharmacogénétique 2D6 a également été évalué. Pourriez-vous nous dire dans quel but ?

Le CYP2D6 est l’un des marqueurs de pharmacogénétique le plus important et le plus examiné. Le CYP2D6 joue un rôle très important dans le métabolisme de beaucoup de médicaments. Notre intérêt pour ce marqueur concerne spécialement certains analgésiques (par ex. Tramal) et le médicament contre le cancer du sein, Tamoxifen. Le gène CYP2D6 est toutefois très variable et donc très difficile à génotyper à cause de l’apparition de duplication de pseudogène. Le test INFINITI® a une excellente couverture des variants génétiques pertinentes et permet une détermination de presque 100% de tous les métaboliseurs lents, c’est-à-dire des variants de gènes qui conduisent à un enzyme non fonctionnel.

Au vu des résultats, vos attentes ont été satisfaites ?

Nos attentes ont été entièrement satisfaites. Nous avons obtenu une correspondance de 100% avec les méthodes de référence (séquençage bidirectionnel) et une reproductibilité complète des résultats lors des répétitions. En outre, le test s’avère très robuste quant à la qualité de l’ADN.

Quelles sont vos impressions par rapport à l’analyseur INFINTI® pour la routine et qu’est-ce qui vous plaît particulièrement?

Le système est très simple et rapide à utiliser et les employés peuvent très vite se familiariser avec les nouveaux tests. De plus, les résultats peuvent être directement transmis à notre système LIMS. En somme, c’est une plateforme réussie qui permet d’automatiser diverses analyses multiplexes.Êtes-vous satisfait du service et du support de BÜHLMANN ?
Nous sommes très contents. Nos demandes ont toujours été traitées très rapidement et de manière compétente. Pour moi, le service et le support de l’entreprise BÜHLMANN sont un point positif en plus pour l’analyseur INFINITI®.
Merci pour cet entretien.

Evaluation of the INFINITI® analyser and comparison of 2D6 vs. Sequencing at the University Hospital in Bern

May 28, 2015

INSELSPITAL, UNIVERTISTÄTSSPITAL  BERN

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INTERVIEW MIT PROF. C. LARGIADÈR, UNIVERSITÄTSINSTITUT FÜR KLINISCHE CHEMIE, INSELSPITAL BERN

Herr Largiadèr, das Institut für Klinische Chemie hat vor kurzem den INFINITI® Analyser gekauft weshalb?

Wir waren speziell an einem Ausbau unseres Angebots an pharmakogenetischen Tests für die Dienstleistung und für die Forschung interessiert. Das Gerät erlaubt es uns, ein relativ breites „Standardangebot“ auf einem einzigen System zu fahren. Wir erhalten relativ viele Anfragen für solche Analysen, jedoch betrifft das für einen einzelnen Marker nur relativ wenige Analysen pro Jahr. Der INFINITI® Analyser erlaubt es uns, verschiedene Marker gleichzeitig auf einem Gerät zu messen, und den Laborablauf – wir verwendeten bisher für verschiedene Marker sehr unterschiedliche Nachweismethoden – stark zu vereinfachen und zu vereinheitlichen. Dies führt zu sehr kurzen Antwortzeiten und eröffnet neue Möglichkeiten in Bezug auf prospektive Studien und auf die klinische Anwendung. Den grössten Informationsgehalt besitzt ein pharmakogenetischer Marker vor Beginn einer Therapie und deshalb sind möglichst kurze Turn-Around-Zeiten für ihren klinischen Nutzen matchentscheidend.

Im Rahmen der Evaluation des INFINITI® Analysers wurde unter anderem auch der pharmakogenetische Test 2D6 evaluiert mit welchem Ziel?

 

Das CYP2D6 ist einer der wichtigsten und der am besten untersuchten pharmakogenetischen Marker. Das CYP2D6 spielt im Stoffwechsel von sehr vielen Medikamenten eine sehr wichtige Rolle. Unser Interesse an diesem Marker bezog sich speziell auf gewisse Schmerzmittel (z.B. Tramal) und auf das Brustkrebsmedikament Tamoxifen. Das CYP2D6-Gen ist jedoch sehr variabel und ist wegen dem Auftreten von Pseudogenen Duplikationen sehr schwierig zu genotypisieren. Der INFINITI®-Test hat eine ausgezeichnete Abdeckung der relevanten genetischen Varianten und erlaubt eine nahezu 100%-ige Bestimmung aller Poor Metabolizer Varianten, d.h. von Genvarianten, die zu einem nichtfunktionalen Enzym führen.
Wie waren die Ergebnisse? Wurden Ihre Erwartungen erfüllt?
Unsere Erwartungen wurden vollständig erfüllt. Wir fanden eine 100%-ige Übereinstimmung mit der Referenzmethode (bidirektionale Sequenzierung) und eine vollständig Reproduzierbarkeit der Resultate bei Wiederholungen. Zudem erwies sich der Test als sehr robust bezüglich der DNA-Qualität.

Welches ist Ihr Eindruck des INFINITI® Analysers in der Routine, und was gefällt Ihnen besonders?

Das System ist sehr einfach und zeitsparend zu bedienen und die Mitarbeiter konnten schnell in die neuen Tests eingearbeitet werden. Ausserdem können die Resultate direkt an unser LIMS übertragen werden. Alles in allem ist es eine gelungene Plattform, die es erlaubt, diverse Multiplex-Analysen zu automatisieren.

Wie zufrieden sind Sie mit dem Service und dem Support von BÜHLMANN?

Wir sind sehr zufrieden. Unsere Anfragen wurden stets umgehend und kompetent behandelt. Für mich sind der Service und Support der Firma BÜHLMANN ein weiterer grosser Pluspunkt des INFINITI® Analysers.

Vielen Dank für das Gespräch.

ENTRETIEN AVEC LE PROFESSEUR C. LARGIADÈR DE L’INSTITUT DE CHIMIE CLINIQUE DE L’HÔPITAL UNIVERSITAIRE DE BERNE.

Monsieur Largiadèr, pourriez-vous nous donner les raisons pour lesquelles l’institut de chimie clinique a récemment acheté un analyseur INFINITI® ?

Nous étions particulièrement intéressés par un renforcement de notre offre de tests pharmacogénétiques pour nos prestations de service mais aussi pour la recherche. L’appareil nous permet d’offrir une palette de tests relativement grande sur un seul système. Nous recevons beaucoup de demandes pour ce genre d’analyses, toutefois cela concerne peu d’analyses pour un seul marqueur par année. L’analyseur INFINITI® nous permet de mesurer en même temps plusieurs marqueurs sur un seul appareil – jusqu’à présent, nous utilisions des méthodes de dépistage très diverses pour les différents marqueurs – et de simplifier et standardiser les procédures de laboratoire. Cela conduit à des temps de réponse très courts et ouvre de nouvelles possibilités en termes d’études futures et d’utilisations cliniques. Avant le début d’une thérapie, un marqueur pharmacogénétique apporte le plus grand nombre d’informations et c’est la raison pour laquelle un temps de traitement aussi court que possible est décisif pour les bénéfices cliniques.

Dans le cadre de l’évaluation de l’analyseur INFINITI®, le test pharmacogénétique 2D6 a également été évalué. Pourriez-vous nous dire dans quel but ?

Le CYP2D6 est l’un des marqueurs de pharmacogénétique le plus important et le plus examiné. Le CYP2D6 joue un rôle très important dans le métabolisme de beaucoup de médicaments. Notre intérêt pour ce marqueur concerne spécialement certains analgésiques (par ex. Tramal) et le médicament contre le cancer du sein, Tamoxifen. Le gène CYP2D6 est toutefois très variable et donc très difficile à génotyper à cause de l’apparition de duplication de pseudogène. Le test INFINITI® a une excellente couverture des variants génétiques pertinentes et permet une détermination de presque 100% de tous les métaboliseurs lents, c’est-à-dire des variants de gènes qui conduisent à un enzyme non fonctionnel.

Au vu des résultats, vos attentes ont été satisfaites ?

Nos attentes ont été entièrement satisfaites. Nous avons obtenu une correspondance de 100% avec les méthodes de référence (séquençage bidirectionnel) et une reproductibilité complète des résultats lors des répétitions. En outre, le test s’avère très robuste quant à la qualité de l’ADN.

Quelles sont vos impressions par rapport à l’analyseur INFINTI® pour la routine et qu’est-ce qui vous plaît particulièrement?

Le système est très simple et rapide à utiliser et les employés peuvent très vite se familiariser avec les nouveaux tests. De plus, les résultats peuvent être directement transmis à notre système LIMS. En somme, c’est une plateforme réussie qui permet d’automatiser diverses analyses multiplexes.Êtes-vous satisfait du service et du support de BÜHLMANN ?
Nous sommes très contents. Nos demandes ont toujours été traitées très rapidement et de manière compétente. Pour moi, le service et le support de l’entreprise BÜHLMANN sont un point positif en plus pour l’analyseur INFINITI®.
Merci pour cet entretien.