Evaluation of the most important Pharmacogenetics tests on the INFINITI® at the University Hospital in Geneva (HUG)

May 28, 2015

HÔPITAUX UNIVERSITAIRES DE GENÈVE (HUG)

OLYMPUS DIGITAL CAMERA

INFINITI®

Docteur Michela Rebsamen du Service de Médecine de Laboratoire des Hôpitaux Universitaires de Genève.

logo_hug

 

ENTRETIEN AVEC MADAME REBSAMEN DES HÔPITAUX UNIVERSITAIRES DE GENÈVE


Dans le cadre d’une évaluation de méthode, vous avez utilisé l’automate INFINITI® de AutoGenomics, quels sont les paramètres évalués ? Pourquoi ces paramètres?
Lors de l’évaluation de performance de l’automate INFINITI® nous avons choisi de tester, parmi les paramètres disponibles, une série de gènes pertinents en pharmacogénétique, étant donné qu’ils sont couramment analysés dans notre laboratoire par d’autres méthodes de génotypage (PCR en temps réel avec sondes fluorescentes, puces à ADN). En particulier, les tests suivants ont été évalués : CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9-VKORC1 et MDR1.


Pour chaque paramètre quels étaient les critères de comparaisons?
Pour chacun des gènes nous avons évalué :
– l’exactitude du génotypage en utilisant des échantillons du laboratoire de génotype connu
– la reproductibilité des résultats (au moins deux analyses indépendantes par gène)
Pour les tests CYP2C9-VKORC1et CYP2D6 nous avons également testé la sensibilité en utilisant différentes concentrations d’ADN préparé à partir d’un même échantillon (20-80 ng).


Comment ont été les résultats ? Cela correspondait-il à vos attentes?
Les résultats obtenus nous ont donné pleine satisfaction. En effet, pour tous les paramètres testés, la concordance avec les résultats obtenus par d’autres méthodes a été de 100%. Les valeurs de fluorescence pour un même échantillon peuvent varier d’une analyse à l’autre mais sans conséquences sur l’exactitude du résultat. Concernant la sensibilité, toutes les concentrations d’ADN utilisées ont été suffisantes pour obtenir un résultat correct.


Quelles sont vos premières impressions concernant l’utilisation de l’INFINITI®?
D’un point de vue pratique, la procédure de préparation des réactions et de l’appareil est relativement simple. Les résultats que nous avons obtenus indiquent que cette technologie est fiable pour la détermination des variantes des gènes que nous avons testés.


Quelles caractéristiques vous ont été agréables?
Premièrement, l’automatisation de toutes les étapes post-PCR est très pratique. Deuxièmement, le fait qu’aucune maintenance de l’automate ne soit nécessaire est très agréable.
La palette de paramètres disponible est excellente, en particulier l’essentiel des gènes pertinents à l’heure actuelle en pharmacogénétique y figure. De plus, le choix actuel comprend à la fois des essais ciblant un seul gène d’intérêt et d’autres intégrant plusieurs gènes en lien avec une pathologie donnée, ce qui nous semble être une approche très judicieuse. L’ouverture de Bühlmann et Autogenomics au développement de nouveaux essais sur demande nous semble particulièrement intéressante.


Qu’est-ce qui pourrait, au vue de la technologie utilisée, être amélioré?
L’étape d’initialisation de l’automate qui est assez longue et pose parfois des problèmes, obligeant au redémarrage, pourrait être améliorée.
D’autre part, le choix des variants analysés pour certains gènes inclut des variants pour lesquels une pertinence clinique n’a pas été clairement démontrée. A notre avis ceci devrait être évité afin de limiter les problèmes d’interprétation clinique des résultats de tests prédictifs et/ou diagnostiques.
Concernant les rapports, il nous semble important d’uniformiser le format des résultats entre les différents essais afin de faciliter l’interprétation. De plus, l’indication de l’allèle prête à confusion lors que l’allèle est défini par plusieurs sites variables dans la séquence. C’est le cas du CYP2D6 pour lequel l’interprétation des rapports actuels est difficile. Nous pensons qu’un algorithme permettant d’analyser les différentes combinaisons possibles et de proposer un génotype de l’échantillon en conséquence serait utile. En l’absence d’une intégration des données des divers variants, il nous semble plus judicieux de rendre uniquement les résultats individuels de chaque position testée sans définir d’allèles.

L’INFINITI® pourrait-il être une alternative du moins partielle aux méthodes actuelles?
L’INFINITI® permet l’automatisation d’analyses génétiques dans plusieurs domaines et est, à notre avis, une alternative valable à d’autres méthodes de génotypage dans un laboratoire de routine. Ceci est vrai pour l’analyse d’un nombre limité de variants par gène, qui sont associés à des pathologies et/ou des prédispositions génétiques, mais aussi pour l’analyse simultanée d’un nombre plus important de variants. De plus, la possibilité de développer de nouvelles analyses sur cette plateforme est un argument supplémentaire en sa faveur.


Merci d’avoir répondu aux questions

Evaluation of the most important Pharmacogenetics tests on the INFINITI® at the University Hospital in Geneva (HUG)

May 28, 2015

HÔPITAUX UNIVERSITAIRES DE GENÈVE (HUG)

OLYMPUS DIGITAL CAMERA

INFINITI®

Docteur Michela Rebsamen du Service de Médecine de Laboratoire des Hôpitaux Universitaires de Genève.

logo_hug

 

INTERVIEW MIT FRAU DR. REBSAMEN, ABTEILUNG FÜR LABORMEDIZIN AM UNIVERSITÄTSSPITAL GENF


Im Rahmen eines Methodenvergleichs haben Sie den INFINITI® Analyser von AutoGenomics evaluiert. Welche Parameter wurden evaluiert und weshalb diese Parameter?
Während der Evaluation des Leistungsvermögens des INFINITI® Analysers haben wir unter den verfügbaren Parametern eine Serie relevanter Gene aus der Pharmakogenetik gewählt, welche oft mit anderen Genotypisierungsmethoden in unserem Labor analysiert werden (real-time PCR mit fluoreszierenden Sonden, DNA Chips). Insbesondere wurden die folgenden Tests evaluiert: CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9-VKORC1 und MDR1.
Welches waren die Vergleichskriterien für jeden Parameter?
Für jeden Parameter haben wir Folgendes evaluiert:
– Die Richtigkeit der Genotypisierung (mit bekanntem Probenmaterial)
– Die Reproduzierbarkeit der Ergebnisse (mindestens zwei unabhängige Analysen pro Gen)
Für die CYP2C9-VKORC1 und CYP2D6 Tests haben wir zusätzlich die Sensitivität getestet, indem wir verschiedene DNA Mengen (20-80 ng) verwendet haben.


Wie waren die Ergebnisse? Wurden Ihre Erwartungen erfüllt?
Die Ergebnisse, die wir erhalten haben, haben uns vollauf zufrieden gestellt. In der Tat war die Übereinstimmung mit den Ergebnissen, die mit anderen Methoden erhalten wurden, für alle getesteten Parameter 100%. Die Fluoreszenzwerte für ein und dieselbe Probe können von Analyse zu Analyse variieren, ohne jedoch die Genauigkeit der Ergebnisse zu beeinflussen. Bezüglich der Sensitivität waren alle verwendeten DNA Mengen genügend, um ein richtiges Ergebnis zu erhalten.


Welches ist Ihr erster Eindruck vom Gebrauch des INFINITI® Analysers?
In praktischer Hinsicht ist die Vorbereitungsprozedur der Reaktionen und des Analysers ziemlich einfach. Die Ergebnisse, die wir erhalten haben, zeigen, dass diese Technologie zuverlässig ist für die Bestimmung der Genvarianten, die wir getestet haben.


Welche Charakteristika empfanden Sie als angenehm?
Erstens ist die Automatisierung aller post-PCR Schritte sehr praktisch. Zweitens ist die Tatsache, dass keine Wartung des Geräts nötig ist, sehr angenehm. Das Menu der erhältlichen Parameter ist aussergewöhnlich, insbesondere sind die aktuell relevanten Gene der Pharmakogenetik vertreten. Ausserdem enthält die aktuelle Auswahl gleichzeitig Assays, die auf ein einziges Gen abzielen und andere, die mehrere Gene im Zusammenhang mit einer gegebenen Pathologie integrieren. Dies scheint uns eine sehr sinnvolle Vorgehensweise zu sein.
Die Offenheit von BÜHLMANN und AutoGenomics hinsichtlich der Entwicklung neuer Tests auf Anfrage scheint uns besonders interessant zu sein.


Was könnte im Bereich der Technologie verbessert werden?
Die Initialisierung des Automaten, die ziemlich lange dauert, manchmal ein Problem ist und einen Neustart des Systems erfordert, könnte verbessert werden. Auf der anderen Seite werden Genvarianten verwendet, für welche eine klinische Relevanz nicht eindeutig nachgewiesen werden konnte.
Unserer Meinung nach sollte dies vermieden werden, um die Probleme der klinischen Interpretation prädiktiver und/oder diagnostischer Testergebnisse zu limitieren.
Was die Berichte betrifft, scheint es uns auch wichtig, das Format der Ergebnisse für die verschiedenen Assays zu vereinheitlichen, um die Interpretation zu vereinfachen. Zudem kann die Angabe des Allels zu Unklarheit führen, wenn das Allel mit mehreren variablen Orten in der Sequenz definiert ist. Im Fall von CYP2D6 ist die Interpretation der aktuellen Berichte schwierig. Wir denken, dass ein Algorithmus nützlich wäre, der es erlauben würde, die unterschiedlichen möglichen Kombinationen zu analysieren, um dann einen entsprechenden Genotyp der Probe vorzuschlagen.
Falls eine Datenintegration der verschiedenen Varianten fehlt, scheint es uns sinnvoller, nur die individuellen Ergebnisse von jeder getesteten Position wiederzugeben, ohne Allele zu definieren.


Könnte der INFINITI® Analyser zumindest teilweise eine Alternative zu den aktuellen Methoden sein?
Der INFINITI® Analyser erlaubt die Automatisierung der genetischen Analysen in mehreren Bereichen und ist, unserer Meinung nach, eine ernst zu nehmende Alternative zu anderen Genotypisierungsmethoden im Routinelabor. Dies trifft zu für die Analyse einer limitierten Anzahl Genvarianten, die mit Pathologien und/oder genetischen Veranlagungen in Zusammenhang stehen, aber auch für die gleichzeitige Analyse einer höheren Anzahl Varianten. Zudem ist die Möglichkeit, neue Analysen auf dieser Plattform zu entwickeln, ein zusätzliches Argument zu seinen Gunsten.


Vielen Dank für das Gespräch.