HÔPITAUX UNIVERSITAIRES DE GENÈVE (HUG)
INFINITI®
Docteur Michela Rebsamen du Service de Médecine de Laboratoire des Hôpitaux Universitaires de Genève.
ENTRETIEN AVEC MADAME REBSAMEN DES HÔPITAUX UNIVERSITAIRES DE GENÈVE
Dans le cadre d’une évaluation de méthode, vous avez utilisé l’automate INFINITI® de AutoGenomics, quels sont les paramètres évalués ? Pourquoi ces paramètres?
Lors de l’évaluation de performance de l’automate INFINITI® nous avons choisi de tester, parmi les paramètres disponibles, une série de gènes pertinents en pharmacogénétique, étant donné qu’ils sont couramment analysés dans notre laboratoire par d’autres méthodes de génotypage (PCR en temps réel avec sondes fluorescentes, puces à ADN). En particulier, les tests suivants ont été évalués : CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9-VKORC1 et MDR1.
Pour chaque paramètre quels étaient les critères de comparaisons?
Pour chacun des gènes nous avons évalué :
– l’exactitude du génotypage en utilisant des échantillons du laboratoire de génotype connu
– la reproductibilité des résultats (au moins deux analyses indépendantes par gène)
Pour les tests CYP2C9-VKORC1et CYP2D6 nous avons également testé la sensibilité en utilisant différentes concentrations d’ADN préparé à partir d’un même échantillon (20-80 ng).
Comment ont été les résultats ? Cela correspondait-il à vos attentes?
Les résultats obtenus nous ont donné pleine satisfaction. En effet, pour tous les paramètres testés, la concordance avec les résultats obtenus par d’autres méthodes a été de 100%. Les valeurs de fluorescence pour un même échantillon peuvent varier d’une analyse à l’autre mais sans conséquences sur l’exactitude du résultat. Concernant la sensibilité, toutes les concentrations d’ADN utilisées ont été suffisantes pour obtenir un résultat correct.
Quelles sont vos premières impressions concernant l’utilisation de l’INFINITI®?
D’un point de vue pratique, la procédure de préparation des réactions et de l’appareil est relativement simple. Les résultats que nous avons obtenus indiquent que cette technologie est fiable pour la détermination des variantes des gènes que nous avons testés.
Quelles caractéristiques vous ont été agréables?
Premièrement, l’automatisation de toutes les étapes post-PCR est très pratique. Deuxièmement, le fait qu’aucune maintenance de l’automate ne soit nécessaire est très agréable.
La palette de paramètres disponible est excellente, en particulier l’essentiel des gènes pertinents à l’heure actuelle en pharmacogénétique y figure. De plus, le choix actuel comprend à la fois des essais ciblant un seul gène d’intérêt et d’autres intégrant plusieurs gènes en lien avec une pathologie donnée, ce qui nous semble être une approche très judicieuse. L’ouverture de Bühlmann et Autogenomics au développement de nouveaux essais sur demande nous semble particulièrement intéressante.
Qu’est-ce qui pourrait, au vue de la technologie utilisée, être amélioré?
L’étape d’initialisation de l’automate qui est assez longue et pose parfois des problèmes, obligeant au redémarrage, pourrait être améliorée.
D’autre part, le choix des variants analysés pour certains gènes inclut des variants pour lesquels une pertinence clinique n’a pas été clairement démontrée. A notre avis ceci devrait être évité afin de limiter les problèmes d’interprétation clinique des résultats de tests prédictifs et/ou diagnostiques.
Concernant les rapports, il nous semble important d’uniformiser le format des résultats entre les différents essais afin de faciliter l’interprétation. De plus, l’indication de l’allèle prête à confusion lors que l’allèle est défini par plusieurs sites variables dans la séquence. C’est le cas du CYP2D6 pour lequel l’interprétation des rapports actuels est difficile. Nous pensons qu’un algorithme permettant d’analyser les différentes combinaisons possibles et de proposer un génotype de l’échantillon en conséquence serait utile. En l’absence d’une intégration des données des divers variants, il nous semble plus judicieux de rendre uniquement les résultats individuels de chaque position testée sans définir d’allèles.
L’INFINITI® pourrait-il être une alternative du moins partielle aux méthodes actuelles?
L’INFINITI® permet l’automatisation d’analyses génétiques dans plusieurs domaines et est, à notre avis, une alternative valable à d’autres méthodes de génotypage dans un laboratoire de routine. Ceci est vrai pour l’analyse d’un nombre limité de variants par gène, qui sont associés à des pathologies et/ou des prédispositions génétiques, mais aussi pour l’analyse simultanée d’un nombre plus important de variants. De plus, la possibilité de développer de nouvelles analyses sur cette plateforme est un argument supplémentaire en sa faveur.
Merci d’avoir répondu aux questions
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