Deutsch Français Italiano
INTERVIEW MIT DR. PASCAL BITTEL, IFIK BERN
Co-Leiter Molekulare Analytik, Institut für Infektionskrankheiten, Bern
Aus aktuellem Anlass, der SARS-nCoV-2 Pandemie, hat Seegene sehr schnell den AllplexTM 2019-nCov Test für den Markt entwickelt, welcher in nur einem Tube die folgenden drei Target Gene E-Gen, N-Gen und RdRP-Gen detektiert. Was ist Ihre Meinung zu dem Test und war er Ihnen bereits von Nutzen?
Der Test ist klar strukturiert und einfach anzusetzen. Ein weiterer Vorteil ist die Möglichkeit zur Automation, sowie die Detektion der drei Target Gene mit der Seegene Real-time PCR. Im weiteren Verlauf der Pandemie und durch entstehende Virus Mutationen sehen wir einen Vorteil darin drei oder mehr Target Gene im Multiplexing Verfahren zu untersuchen.
Sie haben sich entschieden die offene Automation von Seegene, den STARlet IVD zu kaufen. Was waren die Hauptgründe dafür?
Der STARlet ist bei uns schon länger nebst Seegene auch für andere Analysen im Einsatz. Wir sind sehr zufrieden mit der einfachen und verständlichen Bedienoberfläche. Die Wartungen sind gering und schnell durchgeführt, was ein schnelles Starten der Proben ermöglicht. Zudem sind die Bandbreite und die die Kombinationsmöglichkeiten der Tests von saisonalen Viren oder symptom-basierter Diagnostik sehr gut.
Welche Vorteile sehen Sie bei diesem Automations-Gerät im Gegensatz zu anderen Geräten und wurde das Gerät gut von den Anwendern angenommen?
Das offene System von Seegene, mit der Möglichkeit dieses auch mit homebrew PCR zu verwenden und zu automatisierten, hilft uns sehr und erweitert das Analysespektrum zusätzlich. Durch die Automatisierung kann die Probenanzahl erhöht werden, wobei die Hands-on Time reduziert und das Laborpersonal gezielter eingesetzt werden kann. Erwähnenswert ist zudem die schnelle Reaktionsfähigkeit seitens Seegene bei Anpassungen des offenen Systems.
Wie beurteilen Sie das von Seegene angebotene Gesamtpaket, von der Extraktion, über die Testdurchführung, bis hin zur Datenanalyse?
Die Seegene Diagnostik ist einfach bedienbar und hat einen logischen Fluss, welcher sich sehr gut in unserer täglichen Routine integrieren lässt. Alle Kitkomponenten sind gebrauchsfertig und mit Barcodes versehen, was ein schnelles fehlerfreies Starten der Analysen ermöglicht. Die Seegene Viewer Analyse Software ist ebenfalls einfach zu bedienen und selbsterklärend in der Routine mit LIS Anbindung einzusetzen.
Sie haben sich auch für den Routineeinsatz des Seegene AnyplexTM Turberkulose Tests MTB/NTMe entschieden. Was war der Hintergrund?
Unser Labor wollte aufgrund der steigenden Nachfrage bezüglich Nachweis von nichttuberkulösen Mykobakterien (NTM) ein neues Testangebot in die Routinetestung aufnehmen. Es gibt für den molekularen Nachweis von NTM mittels PCR nur sehr wenige CE-IVD markierte Testkits. Wir evaluierten die Angebote verschiedener Hersteller und verglichen die publizierten Leistungsdaten der möglichen Testanbieter. Wichtige Kriterien in der Bewertung vor Zusammenstellung des Evaluationsset der verschiedenen Kits war der Grad der Automatisierung, die Kombination von Mycobacterium tuberculosis-Komplex- und NTM-Nachweis in einer PCR-Nachweisreaktion und das Vorhandensein einer Prozesskontrolle.
Wie verlief die Evaluation, respektive die Validierung und gegen welchen Test haben Sie verglichen?
Die Evaluation richtete sich nach den Vorgaben zur Test-Verifizierung nach DIN EN ISO/IEC 17025. Da es sich bei dem Seegene AnyplexTM MTB/NTMe um einen CE-IVD markierten Test handelt, konnte die eigentliche Verifikation grundsätzlich in einem klar begrenzten Rahmen durchgeführt werden. Es ging uns hauptsächlich darum, zu zeigen, dass wir die publizierten Leistungsdaten erreichen können und dass die Biosicherheit – d.h. Inaktivierung von M. tuberculosis – im Prozess stetig gewährleistet ist. Wir verglichen die Leistung der PCR mit den Kulturdaten, den Ergebnissen der Mikroskopie und einem in house PCR-Protokoll für Mykobakterien. Für M. tuberculosis-Komplex bezogen wir zusätzlich die Ergebnisse einer Cepheid Xpert MTB/RIF Ultra-PCR bei. Dabei konnten wir feststellen, dass die in der AnyplexTM Packungsbeilage genannten NTM-Spezies im Rahmen der publizierten limits of detection (LOD) in respiratorischen Materialien nachgewiesen werden konnten. Weiter liessen sich die Materialien mit der DNS-Extraktionsautomatisation (STARlet) gut verarbeiten. Die Biosicherheitsanforderungen erfüllte der von Seegene vorgeschlagene Workflow zuverlässig. Die Sensitivität der Seegene AnyplexTM MTB/NTMe-PCR für M. tuberculosis-Komplex lag geringstgradig tiefer als die Sensitivität der Xpert MTB/RIF Ultra PCR-Kartusche. Dies werten wir nicht als Nachteil, da wir in den vergangen zwei Jahren eine einstellige Anzahl von Patientenfällen hatten, welche zwar in der Xpert MTB/RIF Ultra PCR ein positives Ergebnis hatten jedoch in der Kultur nicht positiv bestätigt werden konnten. Nach unserer Erfahrung ist dies vor allem bei Patienten der Fall mit länger zurückliegender, behandelter Tuberkulose. Solche Fälle verursachen zahlreiche Folgeabklärung. Dies entfällt seit der Umstellung ohne, dass wir mit der neuen Seegene PCR Tuberkulose-Fälle verpasst hätten. Ein weiterer Teil der Evaluation betraf die Erweiterung des Seegene AnyplexTM MTB/NTMe-Workflows: Bei Nachweis eines NTM-Signals verwenden wir eine in house-Sequenziermethode um die NTM-Spezies ab Direktmaterial zu identifizieren. Das Verfahren hilft uns rasch und kulturunabhängig den spezifischen Erreger zu identifizieren.
Wie zufrieden sind Sie mit dem Service und Support von BÜHLMANN?
Die Erreichbarkeit und Reaktionszeit, sowohl des technischen Services, als auch des akademischen Supports ist ausserordentlich zufriedenstellend. Insbesondere der technische Service vor Ort sowie die Kompetenz der Servicetechniker sind besonders hervorzuheben. Es ist unser Meinung nach nicht verkehrt, das gesamte Serviceangebot von BÜHLMANN als “Goldstandard”, an welchem sich die gesamte Branche zu messen hat, zu bezeichnen.
*Dieses Interview wurde für eine bessere Übersichtlichkeit gekürzt und editiert.
ENTRETIEN AVEC DR. PASCAL BITTEL, IFIK BERN
Co-responsable de l’analyse moléculaire, Institut des maladies infectieuses, Berne
Lors de la pandémie de SRAS-nCoV-2, Seegene a très vite mis sur le marché le test AllplexTM 2019-nCov, qui détecte les trois gènes cibles suivants : gène E, gène N et gène RdRP en un seul tube. Quelle est votre opinion sur ce test et vous a-t-il été utile ?
Le test est clairement mis au point et facile à mettre en place. L’autre avantage est la possibilité d’automatisation et la détection des trois gènes cibles en PCR en temps réel Seegene. Avec le développement de la pandémie et des différentes mutations virales, nous voyons un avantage à examiner trois gènes cibles ou plus dans le processus de multiplexage.
Vous avez décidé d’acheter l’automatisation ouverte de Seegene, le STARlet IVD. Quelles en étaient les principales raisons ?
En plus de Seegene, nous utilisons STARlet pour d’autres analyses depuis longtemps. Nous sommes très satisfaits de l’interface utilisateur simple et compréhensible. La maintenance est minimale et rapide, ce qui permet de démarrer rapidement les échantillons. De plus, la gamme et les combinaisons possibles de tests pour les virus saisonniers ou les diagnostics basés sur les symptômes sont très bonnes.
Quels avantages voyez-vous avec cet appareil d’automatisation par rapport à d’autres appareils et l’appareil a-t-il été bien accueilli par les utilisateurs ?
Le système ouvert de Seegene, avec la possibilité de l’utiliser et de l’automatiser avec la PCR homebrew, nous aide beaucoup et élargit le spectre d’analyse. L’automatisation peut augmenter le nombre d’échantillons, réduire le temps de manipulation et permettre au personnel de laboratoire d’être déployé plus efficacement. Il convient également de mentionner que Seegene est capable de réagir rapidement lors des ajustements du système ouvert.
Comment évaluez-vous le package global proposé par Seegene, de l’extraction à l’exécution des tests et à l’analyse des données ?
Seegene Diagnostics est facile à utiliser et a un flux logique qui peut très bien s’intégrer dans notre routine quotidienne. Tous les composants du kit sont prêts à l’emploi et fournis avec des codes-barres, ce qui permet de démarrer les analyses rapidement et sans erreur. Le logiciel d’analyse Seegene Viewer est également facile à utiliser et explicite dans la routine avec connexion LIS.
Vous avez également décidé d’utiliser le test de turbidité Seegene AnyplexTM MTB / NTMe en routine. Quel était le contexte ?
En raison de la demande croissante pour la détection des mycobactéries non tuberculeuses (MNT), notre laboratoire a souhaité ajouter une nouvelle gamme de tests aux tests de routine. Il existe très peu de kits de test marqués CE-IVD pour la détection moléculaire des MNT par PCR. Nous avons évalué les offres de divers fabricants et comparé les données de performance publiées des fournisseurs. Les critères importants de l’évaluation des différents kits étaient le degré d’automatisation, la combinaison du complexe Mycobacterium tuberculosis et la détection des MNT dans une réaction de détection par PCR et la présence d’un contrôle de process.
Comment s’est déroulée l’évaluation ou la validation et à quel test avez-vous comparé ?
L’évaluation était basée sur les spécifications de vérification des tests selon DIN EN ISO / CEI 17025. Le Seegene AnyplexTM MTB / NTMe étant un test marqué CE-IVD, la vérification proprement dite était plus simple. Notre objectif principal était de montrer que nous pouvons atteindre les données de performance publiées et que la biosécurité – c.-à-d. L’inactivation de M. tuberculosis – est constamment garantie dans le processus. Nous avons comparé les performances de la PCR avec les données de culture, les résultats de la microscopie et un protocole de PCR interne pour les mycobactéries. Pour le complexe M. tuberculosis, nous avons également inclus les résultats d’une Ultra-PCR Cepheid Xpert MTB / RIF. Nous avons pu déterminer que les espèces MNT mentionnées dans la notice d’ AnyplexTM pouvaient être détectées dans l’échantillon respiratoire aux limites de détection publiées (LOD). De plus, les échantillons pourraient être bien traités avec l’automatisation d’extraction d’ADN (STARLet). Le flux de travail proposé par Seegene répond de manière fiable aux exigences de biosécurité. La sensibilité du complexe Seegene AnyplexTM MTB / NTMe-PCR pour M. tuberculosis est légèrement inférieure à la sensibilité de la cartouche Xpert MTB / RIF Ultra PCR. Nous ne considérons pas cela comme un inconvénient, car nous avons eu un nombre à un chiffre de cas de patients au cours des deux dernières années, avec un résultat positif en Xpert MTB / RIF Ultra PCR mais non confirmés en culture. Dans notre expérience, c’est particulièrement le cas chez les patients atteints de tuberculose préalablement traités. De tels cas entraînent de nombreuses enquêtes de suivi. Depuis le changement, cela n’est plus le cas, sans que nous ayons manqué les cas de tuberculose avec la nouvelle PCR Seegene. Une autre partie de l’évaluation concernait l’extension du flux de travail Seegene AnyplexTM MTB / NTMe: si un signal MNT est détecté, nous utilisons une méthode de séquençage interne pour identifier les espèces MNT à partir du matériau direct. La procédure nous aide à identifier le pathogène spécifique rapidement et indépendamment de la culture.
Dans quelle mesure êtes-vous satisfait du service et de l’assistance de BÜHLMANN ?
La disponibilité et le temps de réponse, tant du service technique que du support académique, sont extrêmement satisfaisants. En particulier, le service technique sur place ainsi que la compétence des techniciens de service doivent être soulignés. À notre avis, il n’est pas faux d’appeler toute la gamme de services de BÜHLMANN le « standard de référence » par rapport auquel toute l’industrie doit être mesurée.
* Cet entretien a été raccourci et modifié pour un meilleur aperçu.
INTERVISTA CON DOTT. PASCAL BITTEL, IFIK BERN
Co-responsabile dell’analisi molecolare, Istituto per le malattie infettive, Berna
Nell’ attuale situazione pandemica SARS-nCoV-2, Seegene ha sviluppato molto rapidamente per il mercato il test AllplexTM 2019-nCov, che rileva in una singola provetta i seguenti tre geni target E-gene, N-gene e RdRP-gene. Qual è la sua opinione sul test, vi è già stato utile?
Il test è chiaramente strutturato e facile da configurare. Un altro vantaggio è la possibilità di automazione e rilevamento dei tre geni target con la PCR real-time Seegene. Nell’ulteriore corso della pandemia, a causa delle mutazioni del virus, vediamo un vantaggio nell’esaminare tre o più geni bersaglio nel processo di multiplexing.
Ha deciso di acquistare l’automazione aperta di Seegene, STARlet IVD. Quali sono state le ragioni principali?
Oltre a Seegene, utilizziamo STARlet da molto tempo per altre analisi. Siamo molto soddisfatti dell’interfaccia utente semplice e comprensibile. La manutenzione è minima e rapida, il che consente di avviare rapidamente i campioni. Inoltre, la gamma e le possibili combinazioni di test per virus stagionali o della diagnostica basata sui sintomi sono molto buone.
Quali vantaggi vede con questo dispositivo di automazione rispetto ad altri dispositivi e il dispositivo è stato ben accolto dagli utenti?
Il sistema aperto di Seegene, con la possibilità di utilizzarlo e automatizzarlo con home-brew PCR, ci aiuta molto e amplia ulteriormente lo spettro di analisi. L’automazione può aumentare il numero di campioni, riducendo il tempo pratico e consentendo al personale di laboratorio di essere impiegato in modo più efficace. Vale anche la pena ricordare che Seegene può reagire rapidamente alle modifiche al sistema aperto.
Come valuta il pacchetto complessivo offerto da Seegene, dall’estrazione all’esecuzione dei test all’analisi dei dati?
La diagnostica Seegene è facile da usare e ha un flusso logico che può essere integrato molto bene nella nostra routine quotidiana. Tutti i componenti del kit sono pronti per l’uso e dotati di codici a barre, che consente di avviare le analisi in modo rapido e senza errori. Il software di analisi Seegene Viewer è anche facile da usare e auto esplicativo nella routine con connessione LIS.
Ha anche deciso di utilizzare regolarmente il Seegene AnyplexTM Turberculosis Test MTB / NTMe. Qual era il background di questa scelta?
A causa della crescente domanda di rilevamento di micobatteri non tubercolari (NTM), il nostro laboratorio ha voluto aggiungere una nuova gamma di test ai test di routine. Esistono pochissimi kit di test con marchio CE-IVD per la rilevazione molecolare di NTM mediante PCR. Abbiamo valutato le offerte di vari produttori e confrontato i dati sulle prestazioni pubblicati fra i possibili fornitori di test. Criteri importanti nella valutazione prima della compilazione del set di valutazione dei vari kit sono stati il grado di automazione, la combinazione di Mycobacterium tuberculosis complex e rilevazione di NTM in una reazione di rilevazione PCR e la presenza di un controllo di processo.
Come è andata la valutazione o la convalida e con quale test l’ha confrontato?
La valutazione si è basata sulle specifiche per la verifica del test secondo DIN EN ISO / IEC 17025. Poiché il Seegene AnyplexTM MTB / NTMe è un test con marchio CE-IVD, la verifica effettiva potrebbe essere eseguita fondamentalmente all’interno di un quadro chiaramente limitato. La nostra principale preoccupazione era dimostrare che potevamo replicare i dati sulle prestazioni pubblicati e che la biosicurezza, ad es. L’inattivazione di M. tuberculosis – è costantemente garantita nel processo. Abbiamo confrontato le prestazioni della PCR con i dati della coltura, i risultati della microscopia e un protocollo PCR interno per i micobatteri. Per il complesso M. tuberculosis abbiamo incluso anche i risultati di una Cepheid Xpert MTB / RIF Ultra-PCR. Siamo stati in grado di determinare che le specie NTM menzionate nel foglietto illustrativo di AnyplexTM pubblicati. Inoltre, i materiali potevano essere elaborati bene con l’automazione dell’estrazione del DNA (STARLet). Il flusso di lavoro proposto da Seegene ha soddisfatto in modo affidabile i requisiti di biosicurezza. La sensibilità di Seegene AnyplexTM MTB / NTMe-PCR per il complesso M. tuberculosis era leggermente inferiore alla sensibilità della cartuccia Xpert MTB / RIF Ultra PCR. Non lo consideriamo uno svantaggio, poiché negli ultimi due anni abbiamo avuto un minimo numero di casi di pazienti che ha avuto un risultato positivo nella PCR Xpert MTB / RIF Ultra ma che non è stato possibile confermare quale positivo nella coltura. Nella nostra esperienza, questo è particolarmente vero nei pazienti con tubercolosi precedentemente trattata. Tali casi causano numerose indagini di follow-up. Dopo il passaggio, questo è stato omesso senza che noi avessimo perso casi di tubercolosi con la nuova PCR Seegene. Un’altra parte della valutazione ha riguardato l’espansione del flusso di lavoro Seegene AnyplexTM MTB / NTMe: se viene rilevato un segnale NTM, utilizziamo un metodo di sequenziamento interno per identificare le specie NTM dal materiale diretto. La procedura ci aiuta a identificare il patogeno specifico in modo rapido e indipendentemente dalla coltura.
Quanto è soddisfatto del servizio e del supporto di BÜHLMANN?
La disponibilità e il tempo di risposta, sia del servizio tecnico che del supporto accademico, è estremamente soddisfacente. In particolare, meritano una menzione speciale il servizio tecnico in loco e la competenza dei tecnici dell’assistenza. A nostro avviso, non è sbagliato descrivere l’intera gamma di servizi di BÜHLMANN come il “gold standard” rispetto al quale misurare l’intero settore.
*Questa intervista è stata accorciata e modificata per motivi di chiarezza e brevità.
Social Links